Bản thân Amoni không quá độc với cơ thể, nhưng nếu tồn tại trong nước với hàm lượng vượt quá tiêu chuẩn cho phép, nó có thể chuyển hóa thành các chất gây ung thư và các bệnh nguy hiểm khác.

Amoni là một trong những yếu tố gây cản trở trong công nghệ xử lý nước: Làm giảm tác dụng của Clo, giảm hiệu quả khử trùng nước do phản ứng với Clo tạo thành Monocloamin là chất sát trùng thứ cấp hiệu quả kém Clo hơn 100 lần.

Một hiện tượng nữa cần được quan tâm là khi nồng độ Amoni trong nước cao, rất dễ tạo thành các Nitrat (NO2-), Nitrit (NO3-). Trong cơ thể động vật, nitrit và nitrat có thể biến thành N-nitroso- là chất tiền ung thư.

Khi ăn uống nước có chứa nitrit, cơ thể sẽ hấp thu nitrit vào máu và chất này sẽ tranh oxy của hồng cầu làm Hemoglobin mất khả năng lấy oxy, dẫn đến tình trạng thiếu máu, xanh da. Vì vậy, Nitrit đặc biệt nguy hiểm cho trẻ mới sinh dưới sáu tháng, nó có thể làm chậm sự phát triển, gây bệnh ở đường hô hấp, trẻ bị xanh xao, ốm yếu, thiếu máu, khó thở do thiếu oxy trong máu.